阜陽市第二人民醫院始建于1972年，前身為阜陽行署傳染病醫院，1997年在全國專科醫院中首家按照綜合醫院標準通過二級甲等綜合醫院評審，2011年初在全省首家通過三級甲等傳染病專科醫院評審，正式成為以“強專科、大綜合”為特色的三級甲等醫院，安徽醫科大學阜陽臨床學院和研究生班教學點，蚌埠醫學院教學醫院，多項診療技術居阜陽市領先水平，是皖西北地區醫療、預防、教學、研究中心之一，醫療服務范圍輻射周邊省、市地區。年門急診總量達45萬人次，住院病人達三萬人次。
　　全院占地面積6.07萬平方米，是阜城占地規模最大的醫院，擁有固定資產2.6億元，在職職工1100余人，其中高中級專業技術人員650人，編制床位1000張，實際開放床位1200張。傳染病部分設有感染一科、感染二科、感染病ICU、應急病區、結核病科、肝病一科、肝病二科、肝病三科；內科部分設有呼吸內科、腎病科、血液透析中心、心血管內科、神經內科、內分泌血液科、消化內科、腫瘤內科、干部（特需）病房；外科部分設有普外科、胸心外科、神經外科、泌尿外科、血管外科、骨一科、骨二科、婦科、產科、男科、皮膚科；其它臨床學科設有兒科、急診科、重癥醫學科、耳鼻喉科、口腔科、眼科、高壓氧科、麻醉科、手術室；醫技科室設有CT室、磁共振室、放射科、介入診療科、超聲科、功能檢查科、檢驗科、PCR實驗室、病理科、系列內鏡檢查科等50個學科，以及中西醫結合肝病研究所和健康體檢中心。其中呼吸科為安徽省臨床醫學特色學科，腎臟病科為阜陽市臨床醫學重點學科，血液凈化科、骨科、胸心外科、肝病科、感染科和結核科為阜陽市特色學科。
　　擁有日本東芝64排螺旋CT、荷蘭飛利浦1.5THP磁共振、美國GE1000mALCE+型數字減影血管造影機（大C臂）、美國GE數字X線攝影（DR）、美國柯達CR，德國西門子直線加速器、日本島津800mAX光機、飛利浦IU22型彩超、彩色多普勒數字化超聲，日本全自動生化分析儀，美國雅培AXSEM血液分析儀及全自動免疫發光分析儀，愛爾蘭NPB-840型、Servo-s、Servo-I等系列呼吸機，德國費森尤斯4008B型、4008S型、德國貝朗Dialong+型和瑞典金寶AK90型、AK95型系列血液透析機，歐林巴斯系列纖維支氣管鏡、電子胃鏡、結腸鏡，瑞士EMS氣壓彈道碎石機，德國狼牌腹腔鏡、胸腔鏡、膽道鏡、宮腔鏡、前列腺電切，高壓氧艙、德國貝朗CRRT人工肝支持系統等一系列高新醫療設備。
　　該院堅持以病人為中心，以質量為核心，以科技為先導，近年曾獲部、省、市級科技成果獎76項，能夠開展多種專科專病治療和疑難手術。多次成功有效應對非典、人禽流感、手足口病、甲型H1N1流感等突發公共衛生事件重癥病人救治工作。2003年，院黨委被中央組織部授予“全國非典防治先進基層黨組織”，醫院被國家人事部、衛生部聯合授予“全國非典防治先進單位”；2006年和2007年連年分別榮立阜陽市人民政府人禽流感救治工作和5·4氨中毒救治工作集體二等功；2006年5月被省衛生廳表彰為“安徽省人禽流感救治工作先進單位”；2006年底被評為阜陽市誠信醫院；2007年、2009年2011年8月，連續三次被評為阜陽市第五屆、第六屆、第七屆文明單位；2011年10月，被省委、省政府評為第九屆安徽省文明單位；2008年3月被省衛生廳評為全省衛生系統先進集體，10月被省政府評為安徽省手足口病防治工作先進集體；2011年9月，被市政府評為阜陽市先進集體；并多次被阜陽市委、市政府命名為全市衛生工作先進單位，阜城窗口行業“十佳單位”、“最佳優質服務先進單位”、“行風建設先進單位”、“科技工作先進單位”和“十佳黨委”等光榮稱號。