阜陽市中醫醫院是市區唯一家公立性三級綜合中醫醫療機構，醫院承擔著阜陽市及周邊地區中醫藥醫療、教學、科研、急救、預防保健和康復的重要任務，是安徽省中醫藥大學教學實習醫院。
醫院始建于1953年，建筑總面積32780m2，醫院占地面積48.81畝，編制床位450張，年門診量15萬人次，出院病人1.3萬人次，現有正式職工405人，專業技術人員320人，其中擁有中高級職稱近百人，研究生20人；醫院科室設置齊全，擁有臨床科室20個，醫技科室13個，針灸推拿科和心內科是省級重點專科，肝病科是省級重點專病，肛腸科和頭痛病專科是市級重點學科，院內重點專科5個，臨床二級中醫專業課題（組）８個，充分反映中醫特色的專病門診３２個。
其中臨床一級中醫科室19個，包括針灸推拿科、心內科、肝病科、肛腸科、頭痛病專科、普內科、康復醫學科、工傷康復中心、腦病科、內分泌科、皮膚科、重癥醫學科、急診科、外科、骨科（包括中醫）、婦產科（包括中醫）、眼科、耳鼻喉科、口腔科、120急救分站等科室。
醫院擁有1.5T核磁共振儀、DR、CT、C臂、彩超、全自動生化儀、麻醉呼吸機、層流凈化手術室等10萬元以上各類設備近150臺。
按照國家標準建設的專業化中藥制劑室，設計科學，布局合理，潔凈區凈化級別達3０萬級，能夠生產６種劑型２０多種常用中藥制劑。
2000年安徽省中醫管理局批準醫院成立阜陽市肛腸治療中心；2002年6月醫院被安徽省衛生廳批準為國家中醫類別執業醫師資格實踐技能考試基地；2007年被阜陽市衛生局批準為手足口病防治定點醫院；2007年成立阜陽市緊急救援中心急救分站；2010年被安徽省人力資源和社會保障廳批準為阜陽市首家工傷醫療康復定點醫院；2012年被安徽省衛生廳批準為職業病體檢定點醫院；2013年被國家衛生和計劃生育委員會授予三級綜合中醫醫院稱號；2014年成為安徽省首批異地醫保聯網定點醫療機構。
醫院力求將建成布局合理、環境優美、功能配套、科室齊全、設備先進、服務優質的現代化中醫醫院，竭誠為廣大患者服務。