昆明市兒童醫院前身是1920年英國教會（中華圣公會）創辦的教會醫院——“惠滇醫院”。1950年，由昆明市人民政府接管，作為昆明陸軍醫院的婦產分院，于1958年改建為昆明兒童專科醫院。目前已成為云南省唯一一所集醫療、教學、科研、保健、預防為一體的兒童綜合性醫院。
　　昆明市兒童醫院現有正式職工931人，衛生技術人員758人，高級職稱及碩士生導師以上專家102人，市級、局級、院級學科帶頭人及后備人32名，博士、碩士研究生63名。醫院核定床位300張，實際開放床位500張。日診治門、急診患兒近3000人，年門診人次80余萬，年搶救轉診危、急、重癥患兒萬余人，搶救成功率98.1%。兩年后新院建成，醫院規模將達到1000張床，綜合服務能力大大提高。成為一所面向全省，輻射周邊和東南亞地區的現代化兒童醫療康復中心。
　　昆明市兒童醫院目前設有28個臨床醫技科室。有省級醫學研究中心5個，市級醫學重點學科5個和醫學研究（技術）中心10個。設有PICU、NICU、CCU，內、外科實行二級分科，小兒眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、兒保部、康復科、檢驗科、中心實驗室、放射科、病理科等，各醫技功能科室齊全。醫療設備先進，有雙排螺旋CT、DR、CR、雙C臂數字減影系統、全自動生化分析儀，多普勒彩色超聲儀等100余臺各種大中型醫療儀器設備。醫院在省內率先完成了His系統和Pacs系統的融合、建立了Lis系統、醫療一卡通信息收費系統、醫生工作站、排隊呼叫系統等，為現代化、數字化醫院奠定了堅實基礎。保證了醫療、教學、科研、工作的開展。醫院現已成為昆明醫學院、大理學院、昆明市衛生學校、楚雄市衛生專科學校教學醫院和兒科碩士點分部，并已開展了研究生的培養工作。每年有多項科研成果獲省、市科技進步獎，有上百篇論文發表在國家級、省級專業期刊上。醫院擁有一支老中青的兒科專業技術人才隊伍。醫院與國際組織機構有多項合作項目，得到國際有關組織的贊譽和省、市各級政府的嘉獎、表彰，獲得省、市先進集體、市級文明單位等榮譽稱號。
　　昆明市兒童醫院承擔著繁重的醫療、保健、科研和教學任務，為推動昆明地區及全省兒科醫學的發展，挽救患兒的生命，促進兒童健康，提高人口素質，做出了十分重要的貢獻。
兒童是祖國的未來，民族的希望，兒童的健康關系著家庭幸福，社會進步，國家發展，加強兒童醫療保健事業責任重大，意義深遠。根據昆明市“十一五”衛生事業發展規劃和區域衛生規劃，為了科學合理地配置醫療資源，滿足日益增加的兒童醫療服務需求，解決病人看病難的問題，省委、省政府和市委、市政府高度重視，結合現代新昆明建設發展規劃，將兒童醫院南市區新建項目納入昆明市“十一五”規劃和重點建設項目，決定在南市區建設一所代表全省最高兒童醫療水平的大型綜合性兒童醫院，新院總用地面積113畝，投資6.9億，建筑面積達11萬余平方米，設置床位800張，日接診量可達5000人次，年門診量可突破100萬人次，年收治住院病人約3萬人次。醫院將以改革和項目推進為契機，抓住機遇，加快改革步伐，不斷提高醫院管理水平和醫療服務質量，把醫院建設成為一所集醫療、教學、科研、預防、保健、康復于一體；技術精湛，設施精良、服務優質、管理高效；學科特色鮮明，整體實力雄厚；立足云南，輻射周邊地區，面向東南亞的現代化綜合性兒童醫學中心。