昆明醫學院口腔醫院前身為創建于1979年的口腔醫學系，2001年10月學校根據建設發展的需要更名為口腔醫學院，2004年9月經省委省政府和省衛生廳批準，整合第一附屬醫院6個口腔臨床科室和第二附屬醫院口腔科組建昆明醫學院附屬口腔醫院，于2006年10月18日正式掛牌。昆明醫學院口腔醫學院（醫院）經過不斷的建設和發展，現已成為云南省唯一集教學、醫療、科研為一體的口腔醫學人才培養基地。
口腔醫學院和附屬口腔醫院目前實行“兩塊牌子，一套班子”的管理模式，設有綜合辦公室、工會、團委、學生辦公室、教學管理辦公室、財務科、醫護科、科教科和后勤設備科等部門。現有正式在編職工118名，其中教授（主任醫師）5名，副教授（副主任醫師）36名，講師（主治醫師）40名；具有博士學位者12名，具有碩士學位者34名。博士生導師1名，碩士生導師21名。外聘職工67名，其中財務及管理11名，護士39名，保衛7名，工勤10名。
口腔醫學院目前設有口腔內科學、口腔頜面外科學、口腔矯形學、口腔組織病理學和口腔解剖生理學等五個教研室，一個綜合實驗室和一個口腔醫學研究所，共開設12門口腔專業基礎及臨床課程；2001年獲云南省省級重點建設學科，2005年被云南省評為省級重點專業，2006年口腔臨床醫學獲云南省“十一五”建設規劃二類重點學科，口腔修復學于2006年被評為云南省精品課程。1986年口腔內科學開始招收碩士研究生；1997年獲得口腔臨床醫學碩士學位授權點，2002年8月，口腔醫學成為一級學科碩士學位授權點。目前申報博士點的工作正在進行當中。
學院一貫重視科研工作，科研成果喜人。近三年來共支配科研經費374萬元，年均124.7萬元；科研項目獲省部級獎共18項，獲發明專利2項；出版學術專著5部；在國內外學術刊物發表論文284篇，其中被SCI收錄11篇；目前承擔各類科研項目36項，其中國家自然科學基金項目3項。
昆明醫學院口腔醫院積極倡導國際交流與合作，多次邀請美國、加拿大、日本、泰國、韓國的專家教授來我院講學交流，與日本新瀉大學、泰國瑪海多大學牙學院、清邁大學牙學院建立了友好合作關系。先后有二十余名教師赴美國、加拿大、英國、日本、泰國進修學習。2004年作為中國唯一代表加入湄公河區域國際牙科協作組織(IDCMR)，并于2006年10月18日口腔醫院建成揭牌之時承辦了“第三屆湄公河流域口腔醫學協作組織學術交流會”；2006年8月承辦了全國“牙周病檢查診斷及治療的規范化評估”培訓班。近三年中，共二十余名研究生和本科生被選派赴泰國和北京等地參加國際學術交流活動。