成都肛腸專科醫院源于著名痔瘺泰斗黃濟川先生于1884年在四川瀘州開辦的痔瘺診所，1904年遷移至成都少城，稱黃濟川痔瘺醫院。1956年改制后正式成為全國第一家公立肛腸專科醫院，稱成都痔瘺專科醫院。1998年由成都市衛生局更名為成都肛腸專科醫院，2012年成為國家二級甲等專科醫院，同年順利通過了國家三級乙等專科醫院評審。
　　20世紀50年代，黃老用其高超獨到的祖傳秘方為一些重要領導診治后，其醫術享譽九州，受到周總理親切接見與鼓勵。新中國中醫外科四大名醫黃濟川、石筱山、杜自明、趙炳南，于1956年7月躋身于中華醫學會外科學會常務委員。其中黃濟川與“中國外科之父”裘法祖等一起任學會四位副主任委員之一，獲得了中醫外科在我國醫學史上最高的學術地位。同時黃濟川也是四川省最早的四大名中醫之一（黃濟川、張文修、李斯熾、卓雨農）。
三個世紀以來，醫院大力弘揚祖國醫學的優良傳統，繼承和發揚黃老先生豐富的肛腸醫學遺產，運用現代醫學創立了一整套獨具中西醫結合專科特色的治療方法，醫院堅持走“大專科，小綜合”發展之路，至今已為國內外數百萬計的肛腸病患者解除了病痛。
　　目前醫院開放病床208張，下設8個臨床科室，并設立了全國首個肛腸VIP病區及全國首個便秘病區。擁有大腸肛門病專業主任醫師7人，副主任醫師25人，麻醉師6人。在醫教研各方面齊抓共管，目前擁有碩、博士研究生21人，承擔部、省、市、區各級課題20余項。醫院黨政領導歷年來高度重視教學，把教學工作作為關系醫院發展的戰略任務來抓，“科教興醫、科教興院，以教學促醫療、促醫院發展”已成為醫院上下的共識，醫院規模、科室設置、診療儀器設備、住宿條件、教學設施、聲像、圖書資料等教學條件能滿足臨床教學需要。醫院擁有手術室9間，先進數字化動態平板攝影系統，丹麥造彩色多普勒超聲診斷掃描儀，日本奧林巴斯電子腸鏡，丹麥造胃腸動力學檢查系統等價值1500余萬大型專科設備。醫院教學管理規范有序，管理機構完整，崗位職責明確，管理制度健全，師資隊伍結構合理穩定，認真組織實施教學，各項教學任務得到落實。真正達到“以評促教、以評促改，教學相長，以教學促科研、以教學促醫療”的目的，促進醫院可持續發展。
　　醫院目前是國家中醫藥管理局重點學科單位，國家中醫藥管理局重點專科單位，四川省醫學甲級重點專科——肛腸科，醫院設有“全國中醫肛腸學科名專家”工作室2個，“四川省名中醫”工作室1個，“成都市名中醫”工作室1個。擁有四川省中醫藥學會副秘書長1人；四川省中西醫結合學會副會長1人；成都市中醫藥學會副理事長1人；中國PPH技術（規范）資格認證專家委員會主任委員、秘書長各1人；中國便秘聯誼會主席2人、會長1人、秘書長1人、副會長1人、常務副秘書長1人、副秘書長1人、常務理事10人；中醫藥高等教育學會肛腸分會顧問會長1人、秘書長1人、副會長2人、副秘書長1人、常務理事7人；中華中醫藥學會肛腸分會副會長1人、副秘書長1人、常務理事7人；世界中醫藥學會聯合會肛腸專業委員會副會長1人、副秘書長1人、常務理事1人；中國中西醫結合學會大腸肛門病專業委員會常務理事1人；四川省中醫藥學會肛腸專業委員會正副主任委員各1人；成都市中醫藥學會肛腸專業委員會正副主任委員各1人；中國肛腸病學研究生聯合會正副會長、秘書長各1人。