黑龍江中醫(yī)藥大學(xué)附屬第二醫(yī)院的前身為成立于1963年的黑龍江中醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院門診部，1992年成立黑龍江中醫(yī)學(xué)院附屬第二醫(yī)院，并在全國中醫(yī)院校中率先實(shí)行“院系合一”管理體制，1997年，更名為“黑龍江中醫(yī)藥大學(xué)針灸推拿學(xué)院暨附屬第二醫(yī)院”，2011年，黑龍江中醫(yī)藥大學(xué)康復(fù)醫(yī)學(xué)院成立，落戶黑龍江中醫(yī)藥大學(xué)附屬第二醫(yī)院。黑龍江中醫(yī)藥大學(xué)附屬第二醫(yī)院是集醫(yī)療、教學(xué)、科研于一體，突出中醫(yī)針灸、推拿、康復(fù)特色的綜合性三級甲等中醫(yī)醫(yī)院，黑龍江省針灸推拿康復(fù)醫(yī)療中心，全國中醫(yī)中風(fēng)病醫(yī)療中心建設(shè)單位、國家首批重點(diǎn)中醫(yī)院（現(xiàn)代化中醫(yī)醫(yī)院）建設(shè)單位，國家中醫(yī)醫(yī)院中醫(yī)藥文化建設(shè)試點(diǎn)單位。

　　醫(yī)院占地面積8500余平方米，總建筑面積42591平方米，設(shè)有針灸、推拿、康復(fù)、骨傷、內(nèi)、外、婦、兒等41個(gè)臨床科室，醫(yī)技科室5個(gè)，三個(gè)中心，編制床位800張，開放床位床位996張。醫(yī)院現(xiàn)有員工937名，專業(yè)技術(shù)人員455名。高職專家教授149人,享受國務(wù)院、省政府特殊津貼5人，省級優(yōu)秀中青年專家2人，省衛(wèi)生系統(tǒng)有突出貢獻(xiàn)中青年專家7人，省級名中醫(yī)15人，博士、碩士研究生導(dǎo)師91人。

　　醫(yī)院針灸學(xué)學(xué)科、中醫(yī)康復(fù)學(xué)學(xué)科、推拿學(xué)學(xué)科、中醫(yī)老年病學(xué)學(xué)科為國家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)學(xué)科；中醫(yī)預(yù)防醫(yī)學(xué)學(xué)科為國家中醫(yī)藥管理局培育學(xué)科；針灸推拿學(xué)學(xué)科、中醫(yī)康復(fù)學(xué)學(xué)科、中醫(yī)婦科學(xué)學(xué)科、中醫(yī)骨傷科學(xué)學(xué)科為黑龍江省級領(lǐng)軍人才梯隊(duì)；針灸推拿學(xué)學(xué)科、中醫(yī)康復(fù)學(xué)學(xué)科、中醫(yī)骨傷科學(xué)學(xué)科為黑龍江省重點(diǎn)學(xué)科（教育廳）；中醫(yī)骨傷科學(xué)學(xué)科、中醫(yī)推拿學(xué)學(xué)科、中醫(yī)肝膽病學(xué)學(xué)科，中醫(yī)痹病學(xué)學(xué)科、中醫(yī)康復(fù)學(xué)學(xué)科為黑龍江省中醫(yī)管理局重點(diǎn)學(xué)科。腦病科、康復(fù)科為國家中醫(yī)臨床重點(diǎn)專科，腦病科、康復(fù)科、婦科、針灸科、骨傷科為國家重點(diǎn)專科建設(shè)項(xiàng)目，重癥醫(yī)學(xué)科、臨床藥學(xué)為國家重點(diǎn)專科培育項(xiàng)目。針灸科、骨傷科、婦科、推拿科、老年病科、重癥醫(yī)學(xué)科、腎病科、癃閉、延髓麻痹、類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎、痔瘡、中風(fēng)病、脊髓損傷、糖尿病足為黑龍江省中醫(yī)管理局重點(diǎn)專科（專病）。現(xiàn)有3個(gè)全國名老中醫(yī)藥專家傳承工作室（于致順、孫申田、高維濱名醫(yī)工作室）

　　學(xué)院（針灸推拿學(xué)院及康復(fù)醫(yī)學(xué)院）現(xiàn)有七年制中醫(yī)學(xué)（針灸推拿方向）、針灸推拿學(xué)、針灸推拿學(xué)（英語方向）、針灸推拿學(xué)（康復(fù)方向）、康復(fù)治療學(xué)兩個(gè)專業(yè)三個(gè)專業(yè)方向，其中省級重點(diǎn)專業(yè)1個(gè)。承擔(dān)針灸推拿本科、專科、研究生、留學(xué)生等基礎(chǔ)、臨床教學(xué)和實(shí)習(xí)任務(wù)，并接受省內(nèi)外及國外進(jìn)修生。設(shè)有14個(gè)教研室，具有一級學(xué)科博士授權(quán)點(diǎn)1個(gè)、一級學(xué)科碩士授權(quán)點(diǎn)2個(gè)、二級學(xué)科博士授權(quán)點(diǎn)4個(gè)、二級學(xué)科碩士授權(quán)點(diǎn)9個(gè)。

　　近年來，醫(yī)院獲各級科技成果146項(xiàng)，其中國家級獎項(xiàng)1項(xiàng)、部省級獎項(xiàng)42項(xiàng)，獲專利6項(xiàng)。“針刺項(xiàng)頸部腧穴治療真性延髓麻痹的臨床應(yīng)用研究”項(xiàng)目榮獲國家科技進(jìn)步二等獎，結(jié)束了真性延髓麻痹不能治愈的歷史，開創(chuàng)了中醫(yī)針刺方法治療疑難危重癥的新領(lǐng)域。

　　醫(yī)院先后榮獲：“省平安建設(shè)平安醫(yī)院”、“黑龍江省衛(wèi)生文化建設(shè)先進(jìn)單位”、全國教科文衛(wèi)體“抗震救災(zāi)工人先鋒號”、“全省衛(wèi)生系統(tǒng)民主評議醫(yī)院行風(fēng)工作最佳單位”，“黑龍江省衛(wèi)生系統(tǒng)創(chuàng)建群眾滿意醫(yī)院活動先進(jìn)集體”、“全國模范職工小家”、“黑龍江省文明單位”、“省中醫(yī)藥工作先進(jìn)集體”、“省愛國衛(wèi)生先進(jìn)單位”、“黑龍江省教育系統(tǒng)三育人先進(jìn)集體”、“全國中醫(yī)藥系統(tǒng)創(chuàng)先爭優(yōu)活動先進(jìn)集體”、“全國中醫(yī)藥應(yīng)急工作先進(jìn)集體”等榮譽(yù)稱號。