廈門市中醫醫院正式成立于1956年11月，是全國首批示范性中醫醫院、福建中醫學院附屬醫院、北京中醫藥大學廈門臨床醫學院，是一所集中醫醫療、教學、科研為一體的綜合性中醫醫院。廈門中山醫院現有職工上千名，其中主任、副主任醫師150多名，享受國務院特殊津貼專家4名，碩士生導師15名，全國名老中醫6名。設有床位900張（其中總院址設600張床位，南區設300張床位）。醫院占地面積7.25萬m2，建筑面積9.6萬m2，年門診量百萬人次，年出院病人1.6萬人次，是目前福建省規模最大的綜合性中醫醫院。廈門中山醫院現有48個臨床、醫技科室，12個臨床教研室。綜合功能完善，中醫特色鮮明。擁有了一批中西醫結合、綜合實力較強的重點專科，形成了具有中醫特色的優勢學科群。廈門市四大醫學中心之一的肝病中心為國家級重點專科；脾胃專科的慢性胃炎是國家中醫藥管理局重點專病；同時擁有兩個福建省重點專科——肛腸（痔瘡）病治療中心及糖尿病專科；還有中西醫結合兒科、中西醫結合膽胰專科、中西醫結合骨關節病專科是福建省重點專科建設單位。廈門中山醫院醫療設施先進，配置了螺旋CT、西門子800MAＸ光機、貝克曼自動生化分析儀、東芝無暗盒遙控X線機、電子腹腔鏡、核磁共振、DR等價值上億元的大型精密設備，擁有兩個達到部頒二級標準的PCR實驗室。廈門中山醫院搬遷后，原江頭分院成為肝病中心、肛腸病中心及骨關節病中心，設床位300張，加強了醫院重點專科的建設力度。同時為方便老市區市民就診，廈門中山醫院在舊市中心的禾祥東路設立“廈門市中醫院禾祥東門診部”，以老中醫專家為主，原離退休專家門診全部遷至禾祥東門診部。為充分利用合理配置中醫藥資源，應用中醫藥技術和方法，不斷拓展中醫藥服務領域，增強中醫藥綜合服務能力，廈門中山醫院依托社區衛生服務網絡，設立了廈門市首家由三級醫院承辦的“興隆社區衛生服務站”，并與禾山街道社區衛生服務中心、江頭街道社區衛生服務中心、湖里街道社區衛生服務中心等建立雙向轉診制度，做到“小病在社區，大病進醫院”，充分發揮市中醫院和社區衛生服務功能，以比較低廉的費用，提供較優質的衛生服務，滿足社區居民基本醫療需求。為弘揚祖國傳統醫學，拓展廈門市對海內外僑胞的服務與定位，推進閩西南醫療衛生中心的建設，在廈門市政府、廈門市衛生局、廈門市僑聯等相關單位的支持下，2004年3月底，經省衛生廳批準，廈門市中醫院加掛“廈門華僑醫院”的牌子。2005年，廈門中山醫院又與我國中醫藥界一流高等學府——北京中醫藥大學攜手，成立了“北京中醫藥大學廈門臨床醫學院”。北京中醫藥大學將在校的港澳臺學生送往廈門完成部分基礎課和臨床課的學習，這就有利于充分發揮廈門對港、澳、臺的交流優勢，有利于把祖國最優秀的中醫藥技術資源輻射到海峽對岸。2006年5月，廈門中山醫院借搬遷新址之際設立了“港澳僑臺胞診療中心”，為港澳僑臺胞提供更加完善的服務。為了給廈門市貧困歸僑就醫提供經濟支持，在廈門市僑聯的倡議下，在廈門香港聯誼總會的大力支持下，醫院還設立了“廈門華僑醫院歸僑醫療救助基金”，接受海內外熱心于慈善事業的單位、團體及個人的捐款。