南京市第二醫院由原南京市鐘阜醫院和南京市傳染病醫院于1996年合并組建，1997年通過省衛生廳評審，成為江蘇省**的三級傳染病醫院。現為東南大學醫學院附屬醫院，南京大學醫學院、南京醫科大學教學醫院，醫院分設鐘阜部(院機關所在地)和紫竹林部，占地近8萬平方米，建筑面積6萬平方米。院內樹木蔥蘢，百花爭艷，環境優美，是一座典型的花園式醫院。

南京市第二醫院現有職工746衛技人員占75％，**專家兼教授66人，其中省定333工程人才3人，省、市科委跨世紀人才9人，臨床研究生13人。編制床位600張，分設16個病區。其中鐘阜部10個病區380張床位，主要收治各種法定傳染病。沒有肝內科、外科、婦產科、兒科、傳染病科、中西醫結合科、麻醉科等臨床科室。門診部設有相應的專科及專家特色門診。為適應疾病譜變化以及社會需求，充分利用衛生資源，醫院在紫竹林部增設南京市腫瘤醫院與南京市老年病醫院，編制床位220張，分設6個病區，主要收治腫瘤及老年病。設有腫瘤內科、外科、老年病科以及社區服務部。其門診部除設有相應的專科外，還設有動、寵物咬傷防疫門診，性病門診等。醫院的傳染科被省衛生廳認定為省級重點學科、省級臨床重點專科。

南京市第二醫院承擔了南京地區及周邊省、市傳染病診治任務，醫院以醫療服務為重點，狠抓醫療質量，提高醫療服務水平。近年來，在病毒性肝炎、肝硬化、脂肪肝、乙腦、流腦等傳染病的診治，以及狂犬病的免疫預防方面進行了系列研究和臨床實踐，臨床治愈率均有較大提高，同時醫院加強重點科室的建設，積極發揮重點科室在醫、教、研等方面的積極作用。

南京市第二醫院堅持科教興院，擁有一批省內外有影響的傳染病診治專家，其中多人擔任全國、省、市傳染病學術團體負責人。努力開展臨床應用性研究和科技開發，與國內外醫學院校建立廣泛的科研合作關系，先后與美國布朗大學、日本名古屋市立大學醫學院進行科研合作。

多次榮獲：全國衛生系統先進集體、江蘇省文明單位、南京市文明單位、省行風先進單位。且連續奪得市十屆白求恩杯競賽綜合大獎**名。