南京市秦淮醫院始建于1950年，是一所二級綜合醫院。醫院現有職工240人，其中衛技人員1％人，副高職稱以上17人。醫院臨床科室15個，醫技科室7個，特色專科門診9個，病區3個，病床152張。

產科被南京市衛生局列為重點專科，負責早孕建卡、孕期保健、正常接產以及各種難產處理和產后保健服務等。婦科開展各種疑難雜病的治療，血液凈化(透析)治療中心始建于1989年，十多年來，治療了眾多尿毒癥、腎功能衰竭病人，1998年被南京市總工會推出為“血透扶貧’’工程，目前，醫院已成為南京市職工扶貧血透中心、南京市總工會慈善醫療門診部。為特困企業職工和下崗職工中需做血液透析的病人減免25％的醫療費用。糖尿病專科是醫院的重點血科，技術力量雄厚，開展胰島功能評估、胰島素泵強化治療等，特別是在整體治療的基礎上應用中藥外治糖尿病足潰瘍，取得了很好的療效，深受患者好評。2009年，由秦淮醫院糖尿病專科組成的團隊代表南京隊在全國糖尿病社區管理比賽中戰勝上海、北京隊，一舉奪得**。醫院專科門診還開設了心血管專科，神經、康復專科，消化專科，乳腺病、前列腺專科，疼痛專科等。